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份子动力学模仿GROMA年会中奖被开除 CS(高级培训班)第一轮讲述

[2019-09-24 21:02:57] 来源: 编辑: 点击量:
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原问题:份子动力学仿照GROMACS(初级训练班)第一轮秘要

格致斯创已成功举行频繁系列软件训练班,学员抵达上百名,收到越来越多的仿照核算软件喜欢者的拥护与好评,为了满意更多的学员能够或许有机缘闻名学习,格致斯创公司将于2018年4月21~23日在北京应物会议中心举行“份子动力学仿照GROMACS—初级训练班?#34987;?#36814;各位教师和同窗报名参加!

GROMACS是一款遵照强大的份子动力学?#28909;?#20105;辩软件,开源付费,可减缩性强,核算速度快,首要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物系?#36710;?#20223;照,亦可用于聚合物、超分子自安装等非生物系?#36710;?#22823;标准份子动力学估计。拥护Amber、CHAR米女、GROMOS、OPLS与粗粒化Martini等多种份子力学力场模子。力场与?#38382;?#25991;件为?#35838;?#26412;花样,便使用户编纂。一起,集成了多种号令处置输入和输入文件,且全数敕令具有不异敌对的调用名字,简单易学,招引了愈来愈多混于生物份子仿照的科研任务者运用。

本次根基训练班能够为宽广GROMACS初学者供给一个良勤学习渠道,在较短的时刻内对分子动力学?#23548;?#20197;及GROMACS使用的根柢知识开展更无效的驾御,为然后更深一步的份子动力学摹拟打下坚实的根蒂根基。

全数来闻名训练的学员都能够开展上机独占实习,由我国吕梁云估计中心将为学员供给踏实动摇的检验本钱,中心采用银河二号主机屑细,全屑细峰值功能3.28Pflops,每个计较结点收集2个Xeon E5 12中心的多核中心措置器和3个Xeon Phi 57外围的众核加速器,共195个?#28909;?#20105;辩中心。每个结点拥有64GB主年会中奖被开除 存,而每一个Xeon Phi协处置赏罚器板载8GB内存,故每结点共88GB内存。每个合计节点峰值浮点功能3.432TFlops。信任优质倔犟的检验赢利会给?#35838;?#23398;员带来愉悦的体会,失掉更多的收成。

?训练课程:

第一天

8:30--9:00

学员报导,支付质料

9:00--11:30

分子仿照简介;

份子仿照方法的抉择;

分子动力学?#23548;?#20223;照结构、积分方法、份子力学、屑细、常用软件等。

13:30--17:00

生物分子三维机关体现软件学习(Discovery Studio Visualizer)

GROMACS的编译/Linux根基/功课提交

GROMACS文件类型与?#38382;?#35774;置

明日

8:30--11:30

GROMACS上机?#23548;?

溶剂系统

使用GROMACS完结水与无机溶?#31890;?#30002;醇与环?#21644;椋?#30340;仿照,进行温度、密度、?#25216;?#30697;、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等总计分析。

学员在此阶段可进修Amber力场?#38382;?#30340;创建、标准的份子动力学估计流程以及GROMACS内置的数据分析?#21019;危?#20197;及加深对GROMACS文件类型、分子处置赏罚、?#38382;?#35013;备与纽带敕令的了解。

13:30--17:00

GROMACS上机?#23548;?

卵白质/卵白质-配体复合物系统

使用GROMACS完结卵白质、卵白质/配体在水溶液中的仿照合计,赏析蛋白质的柔性、二级机关、亲/疏水面积、回旋扭转半径、卵白质/配体的松散能、阻隔间隔、氢键等分析,并使用Discovery Studio Visualizer产高品格三维机关?#35745;?/p>

学员在此阶段可进修GROMACS?#32536;?#30333;?#35270;?#37197;体坐标文件的措置敕令,熟识软件对搀杂分子系统(卵白质/配体/离子/水)的?#38382;?#35774;置,进一步驾御GROMACS软件?#32536;?#30333;质系?#36710;?#20998;析顺叙。

第三天

8:30--11:30

GROMACS上机?#23548;?

双相系统

使用GROMACS完结双相系统(甲醇/水、年会中奖被开除环?#21644;?水)的设置以及核酸片段在双相系统中的份子摹拟。

学员在此阶段可进修GROMACS对搀杂溶剂系?#36710;?#22788;理和创建以及VMD软件对仿照轨道文件的可视化,温习同化份子系统?#38382;?#30340;装备,熟悉GROMACS对核酸份子的措置,检验考试手动修改力场?#38382;?#25991;件。

13:30--17:00

GROMACS上机?#23548;?

全原子与粗粒化份子动力学仿照?#36947;?#38416;明注解。经由进程多个?#36947;?#30340;演示,加强学员对GROMACS软件合用限制、mdp与top文件类型的编写、屑细均衡、年月步长抉择、力场?#38382;?#25225;择与竖立、蜕化调?#32536;?#19968;系?#34892;?#27714;问题的知道。

答疑解惑,彼此根究。

?主讲人简介:

张教师,工学博士,有丰富的GROMACS运用教育,运用GROMACS所做的科研工作已发布在Journal of Physical Chemistry 年会中奖被开除Letter,Journal of Chemical Theory and Computation,Journal of Chemical Information and Modeling等国外学术刊物。

?训练班时刻地点:

年月:2018年4月21~23日地点:北京应物集会会议中心 可咨询:13932327338

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